Houwer begon zijn loopbaan begin jaren zestig in Duitsland, waar hij diverse bioscoopfilms produceerde. In 1971 maakte hij met Paul Verhoeven als regisseur de Nederlandse film Wat zien ik?!, naar een roman van Albert Mol. De film trok meer dan 2,3 miljoen mensen naar de bioscopen.
Met Verhoeven werkte Houwer daarna aan Turks fruit, naar de roman van Jan Wolkers. De film werd genomineerd voor een Oscar voor beste internationale film. Met ruim 3,3 miljoen bezoekers is deze film nog altijd de best bezochte Nederlandse bioscoopfilm aller tijden.
Verhoeven en Houwer bleven samenwerken en maakten onder meer Keetje Tippel (1975), Soldaat van Oranje (1977) en De vierde man (1983).
