Le gouvernement fédéral mènera une enquête auprès de la ABC à la suite des événements de ces derniers jours.
Dans un e-mail, M. Milne avait chargé Michelle Guthrie, ancienne directrice générale de la ABC, de limoger en mai dernier la correspondante économique en chef de la chaîne, Emma Alberici.
"Ayant rencontré le Premier ministre cet après-midi, j'ai demandé au secrétaire du Département des communications et des arts d'entreprendre une enquête pour établir les faits concernant les reportages médiatiques actuels concernant la ABC", a déclaré le ministre des Communications Mitch Fifield.
"Le secrétaire me fera part de ses conclusions dès que possible. Il est important que la communauté ait confiance dans l'indépendance de la ABC."
Des propos tenus mercredi 26 septembre alors que le conseil d'administration de l'organisation médiatique tient une réunion urgente après que le personnel de la ABC ait voté à l'unanimité pour que M. Milne se retire.
"Ils (le gouvernement) la détestent", écrit-il dans un e-mail adressé donc à ms Guthrie et révélé par Fairfax Media.
"Je pense que c'est simple. Débarrasse-toi d'elle. Nous devons sauver ABC - pas Emma. Rien ne garantit qu'ils (la coalition) vont perdre les prochaines élections."
Selon certains rapports, M. Milne s'est plaint de deux autres journalistes qui ont contrarié le gouvernement, le journaliste politique Andrew Probyn et le journaliste radio Jon Faine, ainsi que plusieurs choix de programmes controversés.
Le Premier ministre Scott Morrison a pour l'instant refusé de prendre parti.
"Je ne peux pas attester de la véracité de ces rapports ou de leur exactitude", a-t-il déclaré à la presse mercredi à Sydney.
"Je pense que ce serait très injuste et prématuré de proposer des opinions sur des choses qui doivent encore être établies."
Mais le ministre libéral, Michael Keenan, a critiqué le personnel de la ABC pour avoir fait passer une pétition demandant le départ de Milne.
"Ce n'est pas le travail du personnel de dicter qui dirige l'organisation ... ce ne sont pas eux qui dirigent réellement l'organisation", a déclaré M. Keenan à Sky News.
Le gouvernement de l'opposition demande une explication en détails dans cette situation qu'ils définissent d "extraordinaire".
"S'il est vrai que le gouvernement ou le Premier ministre lui-même a fait pression sur la ABC pour qu'il se débarrasse des journalistes dont il n'aime pas les reportages, c'est un abus de pouvoir", a déclaré à la presse à Melbourne Tanya Plibersek.
Le ministre des Communications, Mitch Fifield, a déclaré qu’il avait de temps en temps soulevé des erreurs factuelles dans les rapports de la ABC, mais qu’il avait toujours respecté son indépendance opérationnelle et éditoriale.
"Je ne me suis jamais impliqué dans les questions de dotation, et je ne connais aucun membre du gouvernement qui ait cherché à le faire", a-t-il déclaré.

Mme Alberici ne s'est pas dit surprise si conflit d'intérêts il y a: M. Milne préside également la société MYOB, sur laquelle la journaliste avait mené une enquête concernant l'impot sur les sociétés.
En attendant le fin mot de l'histoire, elle a déclaré, "Si le conseil d'administration était impliqué [dans cette décision de licenciement], alors là, il y a un problème et c'est très bouleversant."
Deux des émissions de Mme Alberici sur l’impôt sur les sociétés datant du début de l’année ont dû être réécrits à la suite de plaintes provenant du gouvernement.
De son côté, M. Milne a publié une déclaration sans mentionner les e-mails découverts.
"Le travail du conseil d'administration de la ABC est de gouverner de manière indépendante la société, de protéger ses meilleurs intérêts, de veiller à ce qu'elle soit bien financée et bien gérée et que notre contenu soit de la plus haute qualité", a-t-il déclaré.
"C’est précisément ce que le conseil d’administration a fait et continuera de faire. Je ne propose pas de commenter régulièrement les problèmes quotidiens qui se posent dans l’exercice de nos fonctions."
