После подизања оптужнице, Васиљковићу је поново продужен притвор. Како Хина преноси, оптужница је подигнута у последњем тренутку јер после 9. јануара то више по закону не би било могуће.
Прошле недеље саопштено je да је хрватско државно тужилаштво завршило истрагу и да се очекује подизање оптужнице. У међувремену, одбрана је поднела две уставне тужбе због Васиљковићевог деветогодишњег боравка у екстрадиционом притвору, после чега је пребачен у хрватски истражни затвор одмах по изручењу Хрватској из Аустралије 8. јула прошле године. Обе тужбе су одбијене са образложењем да се екстрадиција не убраја у рокове који теку у Хрватској, па сада његов адвокатски тим пише тужбе Европском суду за људска права у Стразбуру.
Сплитско тужилаштво терети Васиљковића да је као заповедник Јединице за посебне намене у саставу паравојних српских формација, односно заповедник Наставног центра за обуку припадника специјалних формација Алфа, поступао противно одредбама Женевске конвенције. Приписује му се да је током лета 1991. у затвору на книнској тврђави, као и у фебруару 1993. у Брушкој код Бенковца мучио, злостављао и усмрћивао заробљене припаднике хрватске војске и полиције.
Тужилаштво га терети и да је у јулу 1991. године у Глини испланирао напад на полицијску станицу и приградско насеље Јукинац, села Горњи и Доњи Видушевац. У том нападу су, наводи тужилаштво, оштећени и уништени цивилни објекти, становништво натерано на бекство, опљачкана њихова имовина, а убијени су и рањени цивили, од којих и један страни новинар.
Накнадно је тужилаштво у Шибенику поднело захтев за проширење истраге због сумње да је Васиљковић одговоран и за ратни злочин против заробљеника и цивила од средине 1991. и почетком 1992. на подручју Книна. Решењем Врховног суда одређено је да се поступак премести у Сплит, један од укупно четири суда у Хрватској који процесуира ратне злочине.
