綜合媒體報道，事髮在噹地時間下午兩時40分左右，一列地鐵列車在先納亞廣場站駛向技術學院站期間，車廂突然髮生爆炸，車門被炸開後嚴重變形。車身和月台見到血蹟，有多人倒地等候救援，部分人傷勢嚴重。
爆炸髮生數小時後，聖彼得堡的另一個地鐵站起義廣場站（Ploshchad Vosstaniya）也髮現了自制的爆炸裝置，噹局派人拆除，地點距離第一次爆炸現場僅三公裡。
俄國全國反恐委員會的髮言人在電視上表示，爆炸髮生在行駛至技術學院站與先納亞廣場站（Sennaya Square）間的列車車廂上。這兩個相鄰的車站位在同一地鐵路線上。技術學院站是聖彼得堡市中心地鐵系統的樞紐。事後警方封鎖地鐵站和疏散乘客，派出多輛消防車、救護車及直升機戒備。[videocard video="913012291616"]
聖彼得堡爆炸案消息傳出後，莫斯科地鐵也透過推特宣布，將依法「寀取額外安全措施」。
俄羅斯通訊社引述警方消息指，懷疑放置炸彈的，是一名23歲中亞青年，來自前囌聯加盟共和國，與激進組織有連系。
另有目擊者稱，有一名男子將公事包留在車廂，再前往第二卡列車，沒多久就髮生爆炸。有報導指，爆炸由裝有約 200 至 300 克黃色炸葯的小型裝置引髮，內藏大量鐵釘和碎片。俄羅斯官方未有證實消息。
俄國總統普京（Vladimir Putin）正在聖彼得堡附近的總統行館舉行會議，他對爆炸案死傷者表示哀悼。他表示，噹局將徹底調查，檢視爆炸的所有可能原因，包括「意外和犯罪，首要的是恐怖攻擊」。
聖彼得堡市政府宣布全市哀悼三天。
