在北京，國台辦發言人回應周子瑜事件時表示，台灣有些政治勢力利用兩岸民間交往中的個別事件，挑撥兩岸民眾感情，兩岸同胞要高度警惕。
官方《環球時報》發表評論文章，指周子瑜道歉，是中國網友與台獨勢力鬥爭取得「完勝」。
較早前，16歲藝人周子瑜為國旗事件公開道歉，片段中看到周子瑜神情憔悴，然後低頭看稿讀出：「中國只有一個，海峽兩岸是一體的，我始終為自己是一個中國人感到驕傲。」
國民黨及民進黨在凌晨回應。
民進黨總統候選人蔡英文表示：「任何一個台灣人拿著青天白日旗表達對台灣的感情與支持，這是一個台灣人該有的權益，不應該被打壓，這是很自然的事情，大家應該共同去支持。」
國民黨總統候選人朱立倫在社交網站表示：「周子瑜，歡迎回家。」
片段上載在經紀公司JYP的官方YouTube頻道，有台灣民眾批評JYP為了利益便宜行事，犧牲周子瑜的政治不表達的自由。
周子瑜在多個韓國綜藝節目中表示自己來自台灣，並曾手持大韓民國國旗與中華民國國旗共同出鏡。長居中國的台灣藝人黃安於11月底在新浪微博發帖，認為周子瑜涉嫌支持台獨。
周子瑜年僅16歲，形象不俗，不少支持者認為中國全面封殺和打壓一個16歲少女，做法不妥。根據目前兩岸承認的九二共識，其基礎之一是「一個中國，各自表述」，不少評論認為周子瑜揮動中華民國國旗，絕無不妥。
有正在台灣採訪大選的香港記者表示，事件為民進黨爭取的票數，將不少於當年陳水扁選前中槍事件。
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